Vedoucí Centra pro lidská práva a demokracii a editor Bulletinu lidských práv začal v září působit jako právník u Evropského soudu pro lidská práva ve Štrasburku na pozici Assistant Lawyer. V červenci 2020 byl rovněž na pět let jmenován náhradníkem členky České republiky ve správní radě Agentury EU pro základní práva (Fundamental Rights Agency, FRA) se sídlem ve Vídni. Členkou správní rady FRA za Českou republiku je doc. Veronika Bílková. Kromě výše uvedených aktivit se Jan Lhotský věnuje i výzkumu, jeho poslední policy paper se zaměřuje na probíhající reformní proces lidskoprávních smluvních orgánů, jako je například ženevský Výbor OSN pro lidská práva (zde).